La ville portuaire de Beira au Mozambique a été la plus touchée, avec de nombreuses maisons submergées et détruites et des infrastructures de soins de santé gravement endommagées. Selon Médecins Sans Frontières, 90% de la zone autour de Beira a été impactée, avec des routes rendues inaccessibles et l'électricité coupée. Le système d’approvisionnement en eau de la ville a également été gravement endommagé, obligeant de nombreuses personnes à boire à des puits contaminés ou à de l’eau stagnante. En raison du manque d'accès à l’eau potable et des conditions de vie de plus en plus sordides, le gouvernement a annoncé que les premiers cas de choléra depuis le cyclone ont été enregistrés. Les premiers cinq cas ont été découverts le 27 mars à Munhava, l'un des quartiers les plus pauvres de Beira. Le nombre de cas de choléra aurait grimpé à au moins 139 le 29 mars. L'Organisation Mondiale de la Santé a mis en garde contre une « deuxième catastrophe » si une épidémie de choléra se propageait dans la région touchée par le cyclone.
Dans le sud du Malawi, les mauvaises conditions sanitaires entraînées par les pluies extrêmement abondantes dans les districts de Chikwawa et de Nsanje situés dans la partie inférieure du fleuve Shire ont également été aggravées par les pluies supplémentaires du cyclone Idai. Bien que le choléra n'ait pas encore été signalé dans cette région du Malawi, une épidémie reste aussi un risque majeur.
De nombreuses équipes d'urgence internationales et locales ont réagi à la catastrophe, notamment Médecins Sans Frontières, International Rescue Committee, Save the Children, le Comité International de la Croix-Rouge et une équipe de la Fondation Veolia.